《拳皇97終極版劇情版》是玩家基于原版修改的一個特色版本。拳皇97終極版不僅修改了遊戲畫面、招式動畫還有背景音樂，還有人物屬性、角色技能出招都做了修改，玩法更具特色，畫面也更加清晰精美。
相比拳皇前三個版本各方面均有較大改進，是拳皇系列的成熟之作。
單挑模式：玩家任選一名角色和電腦單挑，三局兩勝，打敗後可以接著挑戰下一位選手。
玩家VS玩家模式：和好友一起玩的模式，同樣和單挑模式一樣，玩家們只能選擇一名角色進行格鬥。
一對多挑戰：此挑戰模式下，玩家選擇一名角色，而電腦會兩名角色同時登場，難度比較大。
多對多挑戰：此模式下，玩家和電腦一樣，多人互戰，其中玩家自己的隊友爲電腦，AI也是比較高。
組隊挑戰：此模式下也是玩家和好友組隊進行挑戰，各選一名組成隊伍和電腦隊伍進行格鬥。
