《拳皇99千年之戰》是一款經典的街機遊戲，格鬥大會進入新的篇章N.E.S.T.S篇。一九九九年的世界格鬥大會依然如期舉行，這次大會是由神秘組織的首領古力查利度舉辦，他通過大會收集各地格鬥家的數據，並試圖將其克隆，亡圖控制整個世界，他誤以爲K'是自己的克隆人，可是他萬萬沒有想到，自己才是K'的複制品，古力查利度在被K'擊敗後，被克隆零宣布處死，自己也被N.E.S.T.S組織擦去了全部的記憶（其實他自己的記憶也是複制品）
沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。
取消了能量槽的繼承系統。
縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。
首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
