《拳皇2000》是SNK的KOF的絕唱，也是禦用畫師森氣樓的絕唱。似乎是爲了要向玩家們告別，KOF2000集齊了KOF系列所有的人物，當然也有KOF2000的原創角色。援護的改進卻對遊戲性造成了極大的破壞，一個東丈的援護使得大多數角色都可以造成無限連擊，常常使得人們一個失誤就前功盡棄，令系列的平衡性降到冰點，唯一值得玩家欣慰的就是超人氣角色範妮莎和庫拉初次登場。
二零零零年——就像N.E.S.T.S組織預料的一樣，全球的恐怖事件正一輪接一輪的展開著。與此同時哈迪蘭上校（Heidern）與他的部下覺得事情與K’，Maxima他們兩人有關，並策劃去調查他們。正當哈迪蘭上校准備跟蹤K’與Maxima時卻得知令一場格鬥比賽即將開幕，《格鬥之王2000》爭霸賽。
世界各地的格鬥家收到了邀請卡准備全力應戰，但是他們萬萬沒想到的是K’與Maxima也在隊伍中。此外，神秘組織N.E.S.T.S所發出的邀請卡意味著第二階段的計劃已經開始了。神秘組織N.E.S.T.S的行動是個巧合？又是？只有時間才能證明這一切。就像暴風雨之前的平靜，混亂即將開始，拳皇大賽又開幕了.就在大賽快要結束的時候，ZERO殺死了巴西傭兵指揮官淩先生，放置了克隆人在海頓身邊，最後用等離子大炮想叛變N.E.S.T.S。
