拳皇99中文版是一款十分經典的街機格鬥類遊戲。拳皇99官方版遊戲優化了KOF98的系統，增加了援護、CONTER模式等元素，還新增了爆氣發動的反擊模式和防護模式。拳皇99遊戲采用了4VS4對戰模式，創新的援護系統，可發動援護攻擊，使遊戲更具可玩性。
KOF99的故事進入了NESTS篇，主人翁 由一直以來的京換成了K’。
“召開KOF”——世界各地的格鬥家們又收到了邀請函。格鬥之王大會將再一次召開!但是這次的氣氛似乎有些不同。在招待者的背後，似乎完全沒有那種世界大會般規模的支持者。在格鬥們覺得不可思議 的時候，對戰形式又出現了新規定。
遊戲界面“對戰形式仍爲3對3，但大會采用援護戰鬥的形式。”
“援護戰鬥!”，聽到這個陌生名詞的格鬥家 們掩飾不住臉上的困惑。感覺到有些火藥味的哈迪倫 示意拉爾夫 等人參加戰鬥，查明大會開展的真相。
其中，二階堂紅丸 也作爲特別隊的一員收到了邀請，預備出席KOF。隊友的名字是K’以及馬克 西瑪(MAXIMA )。但是在以前的格鬥界中，紅丸對這兩個名字聞所未聞。滿懷心事的紅丸以及格鬥家 們分別動身前往指定地點，他們心中充滿疑惑——援護模式是什麽 ?這次舉辦的大會又有什麽內幕?滿是謎團的KOF即將再掀風雨!
在KOF99大會開始不久，世界各地出現大批克隆人戰士和改造人戰士出現，它們的背後，是陰森龐大的神秘組織——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京 。
京和庵的足迹已成傳說。真正的京，到底在哪裏?庵呢?那OROCHI空間毀天滅地的一戰，到底換來了怎樣一個結局?
—沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。
—取消了能量槽的繼承系統。
—縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。
—首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
—對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
