《拳皇99完全解密版》是一款經典的街機格鬥遊戲。拳皇99完全解密版是由拳皇99改編而成的，跟拳皇99大體差不多，只是玩家可以更自由的使用作弊碼了，玩家們可以好好的虐一番電腦人了。
W ----上
S ----下
A ----左
D ----右
J ----A
K ----B
I ----C
O ----D
5 ----投幣
1 ----1P開始
KOF99再次放棄前作成熟的系統，沒有了模式選擇，而改爲所有人物通用的最大蓄滿三顆寶珠的能量槽。並且取消了能量槽的繼承系統。縮短了緊急回避的距離，加快了緊急回避的時間。並且向後回避時會向前小跳躍。同時可以CANCEL必殺技和超必殺。KOF系列也首次引入STRIKER和SUPER CANCEL的概念，並且新增爆氣發動的反擊模式和防護模式。
反擊模式閃後進攻時必殺技的速度加快，可以CANCEL必殺技，而必殺技可以CANCEL超必殺。可以無限發超必殺，超必殺攻擊判定加強，但出招變慢。不能發MAX超必殺。反擊模式消失後能量槽也會消失一段時間，恢複後才能重新集氣。
防護模式不能發超必殺，閃後進攻可以CANCEL必殺技，特定人物閃後進攻可CANCEL閃後進攻，防護模式被攻擊後不會倒地，任何的攻擊都不會中斷。
對戰模式也更改爲4VS4，啓用了創新的援護系統，隊伍中第四人作爲援護，可發動援護攻擊。
草 京：在?號按開始鍵，輸入←→↑←↓→
八神庵：在?號按開始鍵，輸入→←↑→↓←
會發氣功的椎拳崇：按開始鈕，在椎拳崇那格按A + C
長發雅典娜：在雅典娜那格按開始鍵3秒以上，按A + B
魔頭K'：按開始鍵，在草 京-2按C + D。(CD版本專用）
